Le fonctionnement amygdalien est perturbé lors d’un épisode dépressif. En effet, on observe une augmentation de son volume chez des sujets pris en charge pour un premier épisode dépressif. Les études d’imagerie fonctionnelle mettent en évidence une réactivité amygdalienne plus importante chez les sujets déprimés au cours de la présentation de stimuli à forte charge émotionnelle, confirmant ainsi le rôle de cette structure dans la régulation des émotions. La perturbation du fonctionnement amygdalien est ainsi responsable des symptômes que l’on retrouve chez les patients déprimés : une agitation anxieuse, une irritabilité, une hypervigilance, des réactions de sidération fréquentes.